Gimnazjum nr 2 w Zamościu zostało założone 1 września 1999 roku. Powstało przy Szkole Podstawowej nr 2
imienia Henryka Sienkiewicza.

Pierwszym dyrektorem Gimnazjum był p. mgr Henryk Borowik a zastępcą p. mgr Janusz Fik, kolejnym p. mgr Anna Malczewska, której pomagała p. wicedyrektor mgr Teresa Czyżewska. Obecnie funkcję dyrektora szkoły pełni p. Dominika Gil z pomocą p. Katarzyny Strach - wicedyrektor. 
Do dyspozycji gimnazjalistów są: pracownia komputerowa z dostępem do Internetu, dobrze wyposażona biblioteka i z pracownią multimedialną, stołówka szkolna, szatnia oraz sala gimnastyczna.