Jan Tomasz Zamoyski urodził się 12 czerwca 1912 roku w Klemensowie. Był czwartym dzieckiem Maurycego i Marii Sapiehów.

Pierwsze lata życia spędził w Klemensowie. Po wybuchu I wojny światowej jego rodzina znalazła się najpierw w Białej Cerkwi, później w Kijowie, gdzie przebywali kilkanaście miesięcy. W połowie 1916 roku Zamoyscy przenieśli się do Piotrogrodu.

W końcu 1917 roku rodzina wyjechała do Finlandii, a stamtąd do Szwecji, Oslo, Aberdeen, Londynu, by w połowie 1918 r. dotrzeć do Paryża, gdzie przebywał Maurycy Zamoyski.

Regularną edukację Jan Zamoyski rozpoczął we Francji, po ukończeniu siódmego roku życia. Zgodnie z rodzinną tradycją wraz z rodzeństwem początkowo uczęszczał na zajęcia organizowane przez Francuza Gaube, a następnie przez sprowadzonego z Polski nauczyciela, który uczył dzieci języka polskiego, historii oraz geografii Polski.

Do Polski powróciła rodzina Zamoyskich w 1924 r. We wrześniu tegoż roku Jan Zamoyski podjął naukę w Państwowym Gimnazjum w Pszczynie, gdzie w 1930 r. zdał maturę. W latach 1931-1932 odbywał służbę wojskową w Szkole Podchorążych w Grudziądzu. Podczas służby wojskowej ukończył przeszkolenie artyleryjskie w Szkole Rezerwistów Artylerii we Włodzimierzu Wołyńskim, po czym otrzymał skierowanie do 24 Pułku Ułanów w Kraśniku.

W 1932 r. Jan Zamoyski wyjechał do Francji, gdzie podjął studia w Institut Superieur de Commerce et Ekonomie w Nancy, które ukończył w 1935 roku. Podczas studiów kontaktował się z mieszkającym wówczas w Szwajcarii w Rond Bosson Ignacym Paderewskim, uczęszczał też na zajęcia w konserwatorium.

Po powrocie do kraju w 1935 r. studiował w warszawskiej Szkole Głównej Handlowej. W 1937 r. po uzyskaniu absolutorium rozpoczął pracę w Ordynacji Zamojskiej w Zwierzyńcu, reprezentując swojego ojca Maurycego Zamoyskiego. W kwietniu 1938 r. poślubił Różę Żółtowską, a w maju 1939 r. po śmierci ojca przejął w zarząd Ordynację Zamojską, jako XVI ordynat. Pod koniec sierpnia 1939 r. Jan Zamoyski został powołany do Specjalnego Szwadronu Kawalerii 3 Dywizji Piechoty w Zamościu, w ramach którego wziął udział w kampanii wrześniowej i jako dowódca kawalerii walczył z Niemcami, m.in. pod Szydłowcem i Iłżą.

Od 1940 r. ordynat Jan Zamoyski podjął szeroką działalność społeczną. Między innymi z jego inicjatywy przystąpiono do porządkowania ocalałych zbiorów Biblioteki Ordynacji Zamojskiej i Pałacu Błękitnego w Warszawie, w tym także opracowania nowego katalogu i wypożyczania książek. Z chwilą powstania Rady Głównej Opiekuńczej, wraz z żoną Różą działał w jej komitetach. Na rzecz Polskich Komitetów Opiekuńczych organizował zbiórki żywności i pieniędzy. Od 1940 roku należał do Związku Walki Zbrojnej, a później pod pseudonimem „Florian” był oficerem Armii Krajowej. Był członkiem organizacji „Uprawa-Tarcza”, która zbierała fundusze na rzecz podziemia. Jako żołnierz Armii Krajowej ukrywał przed Gestapo ok. 200 członków podziemia. W jego majątkach znajdowali pomoc i życzliwą opiekę wszyscy, którzy się o nią zwrócili.

Wraz z żoną Różą, latem 1943 roku uratowali z obozu przesiedleńczego w Zwierzyńcu i zorganizowali opiekę ponad 480 Dzieci Zamojszczyzny. Za wiedzą ordynata, w lasach Ordynacji Zamojskiej prowadzono m.in. kursy dla podoficerów, składowano broń, amunicję i inne zapasy wojskowe. W 1942 roku zaopiekował się Francuzami zbiegłymi z obozu jenieckiego w Zwierzyńcu, ukrywając ich w leśnictwie Kocudza na terenie ordynacji.

Na mocy dekretów władz komunistycznych , w drugiej połowie 1944 roku Ordynacja Zamojska przestała istnieć. Ordynat utracił również pałac w Klemensowie, Pałac Błękitny w Warszawie, wszystkie kosztowności.

Po zakończeniu II wojny światowej, w nowej nieprzychylnej dla siebie rzeczywistości , miał możliwość wyjazdu z kraju. Jednakże świadomie z niej nie skorzystał i zamieszkał w Ojcowie. W 1945 r. został aresztowany i uwięziony, najpierw w Olkuszu, później w Kielcach. Po zwolnieniu z więzienia podjął pracę w firmie Lambert, a następnie w 1946 roku został pracownikiem misji UNRRA w Gdyni. W połowie 1946r. wraz z rodziną zamieszkał w Sopocie. Krótko pracował w spółdzielni „Społem” i w American Scantic Line.

W styczniu 1949 r. ponownie aresztowany i oskarżony o rzekomą współpracę z organizacją „Wolność i Niezawisłość” i po prawie 2-letnim śledztwie wyrokiem sądu, bezpodstawnie skazany na 25 lat więzienia. Więziony był we Wronkach, Rawiczu, w więzieniu Urzędu Bezpieczeństwa przy ulicy Rakowieckiej w Warszawie, w obozie pracy w Piechcinie.

Przebywając w więzieniu służył radą i pomagał osobom załamanym i pogrążonym w depresji, dzielił się swoimi doświadczeniami, a nawet pisał wiersze. Z więzienia został zwolniony na mocy amnestii w drugiej połowie 1956 roku.

Po wyjściu z więzienia i procesie rehabilitacyjnym, przez kilka lat pracował jako dziennikarz w redakcji pisma „Rynki Zagraniczne” oraz w Izbie Handlowo- Zagranicznej w Warszawie. Usunięty z gazety, otrzymał pracę jako kierownik biura Przedstawicielstwa Szwajcarskich Linii Lotniczych „Swissair” w Polsce, gdzie pracował do 1981 roku. Charakter pracy oraz dobra znajomość języków obcych – niemieckiego, francuskiego, angielskiego sprzyjała nawiązywaniu licznych kontaktów na całym świecie, mi. in. Szwajcarii, Kanadzie, Francji, Hiszpanii, Włoszech, USA, które owocowały wspieraniem inicjatyw podejmowanych przez Jana Zamoyskiego na rzecz regionu i Zamościa.

Przez całe życie związany z Zamościem i Zamojszczyzną, dla której poświęcił niemal całą swoją działalność, uczestniczył we wszystkich ważnych dla regionu wydarzeniach. Między innymi, dzięki staraniom Jana Zamoyskiego Rada Ministrów w 1975 roku zatwierdziła program renowacji zabytków Starego Miasta w Zamościu, który następnie został rozszerzony w 1978 roku.

W 1985r. otrzymał doroczną nagrodę „Wiadomości” im. Mieczysława Grydziewskiego za książkę „Powrót na mapę”, w której przedstawił działalność Polskiego Komitetu Narodowego w Paryżu w latach 1914-1919.

W 1987 roku, przy wsparciu wielu osób i instytucji organizował Muzeum Sakralne przy Zamojskiej Kolegiacie, w którym udostępnione zostały cenne zabytki sakralne, a także pamiątki rodzinne i historyczne pochodzące z Fundacji Rodziny Zamoyskich.

Nowy okres w życiu Jana Zamoyskiego nastąpił po zmianach politycznych w Polsce w 1989 roku. Już na początku lat 90-tych podjął starania, w wyniku których Zamość wpisany został na listę Światowego Dziedzictwa Kultury UNESCO. W 1989 roku był współzałożycielem a zarazem dożywotnim honorowym prezesem Fundacji Szpitala im. Jana Pawła II w Zamościu.

Jan Zamoyski był członkiem Stowarzyszenia Polskich Przemysłowców, współzałożycielem oraz aktywnym działaczem i prezesem powstałego w Warszawie przy Zarządzie Głównym PTTK- Koła Przyjaciół Zamościa. Od 1991 roku był prezesem Instytutu Historycznego im. Romana Dmowskiego.

W latach 1991-1993 zasiadał w Senacie III Rzeczypospolitej. W roku 1995 został uhonorowany przez Prezydenta RP najwyższym odznaczeniem państwowym – Orderem Orła Białego. 11 listopada 1996 roku Rada Miasta Zamościa przyznała Janowi Zamoyskiemu tytuł. Honorowego Obywatela Miasta. Za zaangażowanie i aktywną działalność na rzecz demokracji oraz rozwoju kultury otrzymał wiele odznaczeń krajowych i zagranicznych.

Zmarł 29 czerwca 2002 roku w Warszawie. Trumna z doczesnymi szczątkami Jana Zamoyskiego, po uroczystej Mszy św. pogrzebowej w dniu 3 lipca 2002 roku złożona została, obok wielkich przodków, w podziemiach Zamojskiej Katedry.

W dniu 1 września 2004 roku Gimnazjum Nr 2 w Zamościu nadano imię XVI Ordynata Jana Zamoyskiego.